Dalam Pelaksanaan STAR-SDP terdapat kesepakatan mengenai pengaturan pelaksanaannya. Bappenas, dalam hal ini Direktorat Aparatur Negara pada Kedeputian Politik, Hukum, Pertahanan dan Keamanan, bertindak sebagai Executing Agency untuk Investment Loan. Bappenas ditunjuk selaku koordinator atas keseluruhan pelaksanaan STAR-SDP.

Sedangkan Departemen Keuangan, dalam hal ini Direktorat Informasi dan Akuntansi (sekarang Direktorat Akuntansi dan Pelaporan Keuangan), pada Ditjen Perbendaharaan, bertindak sebagai Executing Agency untukprogram Loan.

Implementing Agencies STAR-SDP terdiri dari berbagai instansi terkait, yakni Itjen Depkeu, BPPK Depkeu, Itjen Depdagri, Itjen Depdiknas, BPK, BPKP, dan Setejn DPR.