Pada masa lalu, pengawasan kurang mendapat perhatian yang memadai baik dalam kerangka bahasan-bahasan teoritik maupun dalam kehidupan praktis pemerintahan. Dalam kebijakan praktis, pengawasan hanya menjadi pelengkap, diletakan dalam posisi yang relatif lemah, tanpa ada kekuatan hukum yang berdampak serius pada perbaikan sistem. Hal tersebut terjadi karena institusi pengawasan diterima secara mendua di lingkungan aparat pemerintah itu sendiri. Di satu sisi, institusi pengawasan dapat merupakan detektor dini apabila terjadi penyimpangan dalam implementasi kebijakan publik sehingga dapat segera dikontrol (dikendalikan). Akan tetapi di sisi lain, lembaga pengawasan dicurigai sebagai lembaga yang memata-matai pelaku kebijakan publik sehingga dipandang sebagai ancaman yang tidak diharapkan kehadirannya.

Dalam posisi tidak berdaya untuk menjalankan tugas dan fungsi idealnya, lembaga tersebut cenderung hanya dianggap sebagai pelengkap dari perangkat manajemen kepemerintahan saja. Ketidakberdayaan lembaga pengawasan tersebut disebabkan oleh:

1. kemampuan sumber daya manusia aparatur pengawasan baik internal maupun eksternal yang kurang memadai;
2. kedudukan akuntan pemerintah dalam struktur organisasi lembaga pengawasan internal relatif masih lemah;
3. institusi pengawasan didudukan pada posisi yang tidak sepenuhnya independen;
4. kurangnya koordinasi antar lembaga pengawasan dalam melakukan tugas pemeriksaan;
5. pengaturan kelembagaan yang lemah dan kurang jelas sehingga mempengaruhi kinerja lembaga-lembaga audit, seperti: BPK, BPKP, Inspektorat Jenderal, dan Bawasda Provinsi/ Kabupaten dan Kota;
6. kerangka hukum yang kurang jelas;
7. lemah dalam pemahaman dan aplikasi standar dan praktek audit yang diakui secara internasional;
8. dukungan eksternal yang pernah dilaksanakan hanya intermiten tanpa ada kerangka kerja perencanaan secara jangka panjang.

Isu reformasi yang bergulir sejak 1998 juga tidak dapat mengubah citra lembaga pengawasan ini menjadi baik, bahkan berbagai masalah yang dihadapi institusi pengawasan ini menjadi semakin kompleks. Tuntutan masyarakat akan perubahan dari sistem pemerintahan yang sangat sentralistik menjadi sistem pemerintahan yang desentralistis merupakan wujud kekecewaannya sistem pemerintahan sebelumnya. Diterbitkannya UU Nomor 22/1999 tentang Pemerintahan Daerah dan UU Nomor 25/1999 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah yang kemudian diganti dengan UU Nomor 32 dan 33 Tahun 2004 adalah jawaban dari tuntutan tersebut. Hal ini juga membawa dampak pada adanya tuntutan perlunya perubahan terhadap sistem pengawasan dan audit pemerintahan.